Brøndby gennemskæres desuden af jernbanestrækningen København – Roskilde, hvor der både kører S-tog og regionaltog, samt jernbanen København – Køge, hvor der kører S-tog. I sommeren 2016 indvies en 14 kilometer lang supercykelsti, der tager sit udspring i København, går gennem Brøndby, og som fører cykelfolket helt til Ishøj. Byen har planer om, at den eksisterende cykelsti forbedres med ny asfalt og ekstra services flere steder, såsom grønne bølger, heller mellem kørebanen og cykelstien, cykelpumper og fodhvilere, som skal gøre det mere attraktivt at tage cyklen fremfor tog eller bil. Den kommende supercykelsti går under navnet Ishøjruten og løber i Brøndby via Gammel Køge Landevej. Der anlægges i alt ni super- cykelstier i hovedstadsområdet frem til 2018. Den kommende letbane, som forventes at åbne i 2023 vil effektivisere infrastrukturen i Brøndby yderligere og gøre det endnu mere attraktivt for virksomheder at have kontorer i området.
